Bộ mẫu bò sát của Bảo tàng hiện chỉ có một số loài như Thằn lằn giả 4 vạch, Rắn nước mép trắng và Trăn gấm. Thằn lằn giả 4 vạch và rắn nước mép trắng là những loài mới phát hiện gần đây tại tỉnh Thừa Thiên Huế, được Chi cục Kiểm lâm bàn giao lại cho Bảo tàng để phục vụ nghiên cứu khoa học, giảng dạy và truyền thông về bảo tồn động vật hoang dã. Trong khi Trăn gấm là loài đang bị săn bắt với cường độ cao trong tự nhiên, đang ở tình trạng Cực kỳ nguy cấp (SĐVN, 2007) và phụ lục II CITES.
