Trong quá trình xây dựng và phát triển, Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung đã kiên định chiến lược hợp tác với các chuyên gia, giảng viên, cán bộ thuộc các Viện nghiên cứu, trường đại học trong và ngoài Tỉnh để thúc đẩy công tác nghiên cứu, đào tạo, hỗ trợ xây dựng bộ mẫu vật cho Bảo tàng, góp phần tạo việc làm cho sinh viên.
PGS.TS Võ Văn Phú (khoa Sinh học, trường Đại học Khoa học Huế) hỗ trợ Bảo tàng định danh tên loài cá
Những mối quan hệ rất bền vững và hiệu quả với “những người bạn lớn” đến từ khoa Sinh học (trường Đại học Khoa học Huế), khoa Thủy sản, khoa Lâm nghiệp (trường Đại học Nông Lâm Huế), Trung tâm Nghiên cứu Quản lý và Phát triển vùng duyên hải (trường Đại học Khoa học Huế),… đã, đang và sẽ tạo đà để Bảo tàng Thiên nhiên duyên hải miền Trung phát triển lớn mạnh hơn nữa trong thời gian tới.